一種基于Yarn云平臺的基因啟發(fā)式多序列比對算法
所屬分類：技術論文
上傳者：wwei
文檔大小：4376 K
標簽： 生物數(shù)據(jù) 并行計算 分布式計算架構
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文檔介紹：提出一種基于Yarn云平臺的基因啟發(fā)式多序列比對算法。建立核酸替換等價矩陣作為基因啟發(fā)式數(shù)學模型，構建Yarn云平臺邏輯架構，通過對基因數(shù)據(jù)預處理、基因數(shù)據(jù)存儲、基因序列比對、基因數(shù)據(jù)管理、基因數(shù)據(jù)分析等步驟，對數(shù)據(jù)分類保存，劃分錯誤率較高的長序列，得到多個較短的基因片段。對不同片段實施定位，將其中的變長種子生成，進行骨架構建和孔隙填補，可以實現(xiàn)基因啟發(fā)式多序列比對。結果表明，設計的算法在不同數(shù)據(jù)集下處理時間縮短，多序列比對SP（Sum of Pairs）的分值較高，實驗驗證了該多序列比對方法具有很好的應用價值。
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